Ondřej se zaměřuje na oblast zpracování a reprezentace biomedicínských dat, kdy se vícerozměrná data, například elektronické zdravotní záznamy či řeč, převádějí pomocí strojového učení do vektorových reprezentací pomocí metod zvaných embeddings. V současné době se zabývá využitím (velkých) jazykových modelů pro zpracování a analýzu zdravotnických dat. Svou doktorskou práci obhájil v roce 2020 v oboru Biomedicínská a klinická technika. Ve svých aktivitách klade silný důraz na oblast data science a zpracování velkých dat. Na FBMI ČVUT vyučuje předměty spojené s oblastí Biomedicínské informatiky.